Kun koiria alettiin tietoisesti jalostaa niin, että halutut ominaisuudet korostuivat, ei vielä oltu tietoisia esimerkiksi geneettisistä ongelmista tai haluttujen ominaisuuksien koirien terveydelle aiheuttamista haitoista. Nykyään koirien terveysongelmiin on herätty, ja esimerkiksi Kennelliitto on laatinut yhdessä eläinlääkärien, geneetikkojen ja muiden asiantuntijoiden kanssa jalostusstrategian, jolla pyritään edistämään koirien terveyttä ja vähentämään perinnöllisiä sairauksia.
Nykytiedon ansiosta on myös mahdollista hoitaa monia sairauksia, mutta osalle roduista jalostus on jo aiheuttanut merkittäviä haittoja, kuten hengitysongelmia, jotka johtuvat siitä, että tiettyjä ominaisuuksia on suosittu ja pyritty lisäämään. Eläinlääkäriliitto onkin aktiivisesti ottanut kantaa haitallisten ominaisuuksien lisäämiseen jalostuksessa, ja pyrkinyt vaikuttamaan esimerkiksi rotumääritelmien muutokseen näiden ominaisuuksien kitkemiseksi tai vähentämiseksi.
Geenitesteillä pyritään torjumaan haitallisia mutaatioita
Jalostuksessa monelle rodulle on aiheutunut haitallisia mutaatioita, jotka ovat lähteneet leviämään, kun koiria on risteytetty keskenään. Näitä mutaatioita on pyritty ehkäisemään muun muassa erilaisilla geenitesteillä, joiden avulla voidaan etsiä haitallisten mutaatioiden geenejä. Jos koiralta löytyy mutaatiogeeni, ei sitä tule enää käyttää jalostuksessa.
Geenitestien ohella koirien kasvattajien tulisi ennen jalostusta käyttää koirat eläinlääkärillä ja hankkia koiralle eläinlääkärin hyväksymä terveyslausunto, jossa koira on todettu terveeksi. Lausunnossa tulee myös ilmi, mikäli koiralla on jotain rodulleen tyypillisiä vikoja, kuten esimerkiksi nivelvaivoja tai näköongelmia.
Koirilla on myös muunlaisia terveysongelmia
Tämä osio pureutuu pääasiassa koirien perinnöllisiin terveysongelmiin, mutta koirilla on myös muunlaisia terveysongelmia, joista osa on ehkäistävissä esimerkiksi oikeanlaisella ruokavaliolla. Lihominen on länsimaissa ongelma, joka koskettaa ihmisten lisäksi helposti myös eläimiä. Moni antaa koirilleen ruokaa osoituksena rakkaudesta. Valitettavasti ylipaino johtaa kuitenkin myös koirilla monenlaisiin terveysongelmiin, kuten nivelvaivoihin ja erilaisiin kiputiloihin.
Koirilla voi ilmetä myös esimerkiksi allergioita, jotka näkyvät helposti koiran ihossa. Muita ehkäistävissä olevia terveysongelmia ovat esimerkiksi erilaiset käytöshäiriöt, jotka johtuvat ikävystymisestä ja aktivoinnin puutteesta. Niitä on helppo hoitaa esimerkiksi lisäämällä yhteistä tekemistä ja koiran kanssa vietettyä aikaa.